Unter Linux Mint 19.3 (baut auf Ubuntu 18.04 auf) mit Firefox funktioniert alles genau so, wie Du beschrieben hast.
Folgendes ist mir beim Ausprobieren aufgefallen:
Das Lesezeichen-Icon ist äußerst unauffällig. Ich hab auch erst mehrfach auf das Icon in der Leiste geklickt, bis ich begriffen habe, dass das nur das Verzeichnis mit den erstellten Lesezeichen ist. Ich hab das richtige Icon mal auf dem beigefügten Bild markiert.
Für die Notizen gilt im Prinzip das Gleiche: die Erkenntnis, dass in der Leiste nur das Verzeichnis zu finden ist, muss man erst einmal haben. Hätte ich nicht gewusst, dass ich den Text markieren muss, wäre ich nicht darauf gekommen. Die Buttons zum Umschalten bei den pdfs sind da praktischer, stören aber natürlich beim Lesen. Ein Hinweis im Pop-Up, wenn man auf die Notizen/die Lesezeichen in der Leiste klickt, dass man Text markieren muss bzw. wo das Lesezeichen-Icon ist, wäre hilfreich, solang man beides noch nicht gesetzt hat.